Trường THCS Vạn Phúc được thành lập năm 1960, nằm trên quê hương cách mạng – nơi Bác Hồ viết lời kêu gọi toàn quốc kháng chiến năm 1946 và làng nghề Dệt lụa truyền thống Vạn Phúc nổi tiếng. Quá trình thành lập và trưởng thành của nhà trường gắn liền với nhiều giai đoạn phát triển của đất nước.
* Giai đoạn 1960-1976: Trường mang tên là trường Cấp 2 Vạn Phúc. Ban đầu, cơ sở vật chất còn nhiều thiếu thốn, thiếu phòng học nên còn nhờ nhà dân, học ở tảo mạc đình, học ở miếu. Do chiến tranh ác liệt của Đế quốc Mỹ trường phải sơ tán học ở nhiều nơi, song mọi hoạt động dạy và học vẫn được duy trì.
* Giai đoạn 1976-1990: Đất nước thống nhất, công cuộc xây dựng CNXH được đẩy mạnh nền giáo dục cũng có nhiều thay đổi phát triển. Trường mang tên Trường Cấp 1,2 Vạn Phúc. Việc củng cố và nâng cấp cơ sở vật chất, trang thiết bị dạy học được trú trọng, phong trào thi đua “ Dạy tốt - Học tốt ” được đẩy mạnh, nhiều năm liền trường đạt danh hiệu Xuất sắc, có nhiều giáo viên dạy giỏi, học sinh giỏi cấp Huyện, Tỉnh.
* Giai đoạn 1990-1997: Giai đoạn này trường mang tên Trường Phổ thông cơ sở Vạn Phúc. Mọi điều kiện cơ sở vật của nhà trường được củng cố hoàn thiện, trường lớp phát triển. Các phong trào thi đua được duy trì và đẩy mạnh, trường luôn đạt danh hiệu “Tập thể Lao động tiên tiến”, 2 tổ lao động xã hội chủ nghĩa, có giáo viên dạy giỏi cấp Tỉnh, nhiều học sinh giỏi cấp Huyện, Tỉnh.
* Từ năm 1997 đến nay: Trường chính thức mang tên Trung học cơ sở Vạn Phúc. Nhà trường tiếp tục củng cố, ổn định lại tổ chức, cơ sở vật chất để phục vụ dạy và học, trường lớp ngày càng khang trang sạch đẹp, các phong trào thi đua của trường luôn được học sinh hưởng ứng sôi nổi. Học sinh giỏi các cấp tăng nhanh, chất lượng đội ngũ đảm bảo
Năm 2008, nhà trường vinh dự được chọn là nơi Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo Nguyễn Thiện Nhân phát động phong trào thi đua “Xây dựng trường học thân thiện, học sinh tích cực” trên cả nước.
Trong suốt chặng đường dài phấn đấu và phát triển, dù đối mặt với nhiều khó khăn, đặc biệt là về cơ sở vật chất, nhưng với sự nỗ lực của tập thể cán bộ, giáo viên và học sinh nhiều thế hệ, nhà trường đã vượt qua, tiếp tục khẳng định vị thế là một trong những trường THCS công lập với nhiều hoạt động giáo dục phong phú và đạt được nhiều thành tích đáng ghi nhận.